考古学家在玛雅神庙下方发现神秘的坑洞，进一步的考察发现，坑洞是自然形成的，延伸大约34米，深度为20米左右。最新的消息指出，神秘下方的洞穴可连接到其他洞穴或者地下湖泊，同时具有深层次的宗教意义，在玛雅文化中处于非常重要的地位。
这座寺庙名称为Kukulkan，即库库尔坎金字塔，这是中美洲最着名的古文明遗址之一，是玛雅文明的巅峰之作。那么金字塔下方的洞穴为何会存在呢，具有何种宗教意义?
考古学家发现玛雅人在1000年前建造了金字塔，位于一个巨大的天然深坑上，他们相信建立在深坑顶部的建筑是宗教信仰的一部分，因为库库尔坎金字塔内有一尊玛雅蛇神，或者认为是有羽毛的蛇，它是玛雅人非常崇拜的蛇神。由于蛇神需要水，因此神殿下方是一个被填满水的深坑，水流的运行由北向南。考古学家通过一种新的探测技术对神殿下方的结构进行研究，发现了深坑的存在，探测器能够探测到岩石结构走向，分辨出水流和岩石的相对位置。
墨西哥国立自治大学的地质学家提出了一种观点，认为地下高湿度环境与水流深坑可能对神殿构成威胁，最终导致神殿基础结构损坏。随着时间的推移，水流会冲刷到地下结构的墙壁，导致由石头建造的金字塔下方石壁变薄，最终影响神殿的稳定。
寺庙的库库尔坎金字塔已经存在了千年之久，地下高湿度环境的作用影响，要想对金字塔结构造成危害，恐怕还需要数百年的时间，至少在可预见的将来，这座库库尔坎金字塔仍然会非常稳定。