东汉末年，桓帝年间的党锢之祸为灵帝年间的黄巾之乱埋下了伏笔。公元184年，朝廷腐败，内斗不止，外战不休，再记上天灾频繁，种种迹象都表明，民间又要再一次发生暴动了。但是这一次的暴动比较特别，这样的暴动，被称之为中国史上规模最大的宗教起义。那么为什么说黄巾之乱是宗教起义？黄巾之乱到底是怎么回事呢？
当时他们的头领是巨鹿人张角。他们打着“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的口号，向官僚地主发动了猛烈攻击。“苍天”是指东汉，“黄天”指的就是太平道。所以他们的信徒都头绑黄巾为记号。张角开始以宗教思想为工具，大肆蛊惑人心，最终聚集了万众的人民。这也是黄巾之乱被称为是宗教起义的原因。
汉灵帝光合七年(公元184年)，这是一个甲子年。张角一面派人在政府机关门上写上“甲子”二字为记认，另一方面派马元义到荆州、扬州召集数万人到邺准备，又数次到洛阳勾结宦官封胥、徐奉，想要里应外合。但是二月就被叛徒唐周出卖了消息，洛阳的内应马元义等人被捕，遭车裂而亡。官兵大力逮杀信奉太平道信徒，株连千余人，并且下令冀州追捕张角。
被迫无奈，张角提前一个月仓促地发动了起义史称黄巾起义或黄巾之乱。
黄巾起义，各地纷纷响应，刚开始也是很顺利的。但是黄巾军起义不就，他们就开始大肆烧杀抢掠，从起义军沦为匪盗，和赤眉军之类的农民起义军相差甚远。
朝廷见黄巾军声势浩大，慌忙部署兵力防卫并镇压。朝廷军队虽然一开始接连受挫，后来却步步紧逼，到最后黄巾军解散，张角也被戮尸。
乱事虽被平息，但是汉室朝廷根本不思进取，依然耽于享乐，各地的小型叛乱仍然不停。 公元188年，黄巾军再次发生起义，黄巾余部纷纷起事。一年之内，黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾之乱般盛，但却令汉室十分头痛。
为了镇压叛乱，汉灵帝将部份刺史改为州牧，让地方上开始拥有军、政之权，达到更容易控制地方的目的。
但也正是因为汉灵帝的放权，导致地方军拥兵自重，互相攻伐。皇帝无力约束地方军阀，最后尾大不掉，导致了东汉末年，军阀混乱，迎来了三国时代。