达尔文主义可以分为新、旧两种。旧达尔文主义（或“经典达尔文主义”）的内容不仅包含以达尔文的《物种起源》为代表的生物学思想，而且还包括以斯宾塞和赫胥黎的相关著述为代表的社会达尔文主义思想。与之相比较，所谓的“新达尔文主义”的实质，是以细胞科学、遗传学和分子生物学的新成就为内容，以达尔文的演化论为框架，完成生物学各个门类知识的大综合。和新达尔文主义相关的哲学问题有：
形而上学问题：达尔文的自然选择理论，真的能够对物种的分化做出一种有力的说明吗？怎么看待已经被现代分子生物学武装起来的智慧设计学说对于演化论的挑战？
语义学问题：自然选择叙述方式所包含的目的论结构，是否在语义上包含了某种不可被消除的“内涵性”？如果这种内涵性无法被消除的话，我们如何将自然选择学说镶嵌到一个由纯粹的因果说明所构成的自然主义解释系统中去？
应用性或方法论问题：目前的新达尔文主义发展状况，允许我们在多大程度上将人文社会科学“自然主义”化？心理学在多大程度上可以被达尔文化？哲学的诸分支（如知识论和伦理学）呢？
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